讲述了埃及混沌之神Apep上了人身，计划把”纯邪”力量释放至全世界，打开了终极”正邪之战”的序幕。为了阻止他，图书馆员们必须在科学馆里解开一连串线索，包括馆里人偶变活时口中念着的神秘警告语句。

这个古老的组织隐藏在大都会公共图书馆中，致力于保护人类不受神秘藏物的魔法的侵害。收集藏物，保护藏物，和坏人斗智斗勇。

图书馆中的珍贵藏品不翼而飞，藏书也进入了混沌状态。世界各地的图书馆员们都接到了同样一个任务：在纽约博物馆观看一场海难展出。等到众人齐聚博物馆后，才发现这竟然是莎士比亚著作中《暴风雨》的主角普罗斯佩罗的一个阴谋，他设法组织了这次聚会，并趁机集齐了所有藏品，意图召唤海啸，淹没整个纽约。图书馆员们必须齐心协力，拯救纽约！

故事发生在伦敦大都会公共图书馆中，在那里，蛰伏着一个历史悠久的古老组织，负责调查超自然的神秘事件，抵抗不明力量的入侵，保护古老文物不落入不法之徒手中。作为这一代的图书馆员，弗林一直尽忠职守，独自一人应对着各种突发事件。然而，随着时间的推移，敌对力量越来越强大，敌人组织也更具规模，仅凭弗林一己之力，已经很难与之抗衡。在一次对决之战中，弗林的生命危在旦夕，差点死去。为了避免因自己的突然死亡，而导致图书馆处于无人监管的危难之中，也为了更好地应对更多更复杂的危机情况，弗林决定替组织吸收更多的新鲜血液。于是拥有多重文学博士学位的石油工人司顿和超级数学能力的卡桑德拉还有顶级技术高手伊齐基尔成为了弗林的小组成员。而精明强干的反恐专家伊芙则成为了新一代的图书馆员守护者。五人一起团队合作，在图书馆副馆馆长詹金斯的协助下，携手一起与各种邪恶势力战斗。